1. Extracción
En primer lugar, se extrae el material genético (ADN o ARN) del patógeno u organismo.
¿QUÉ ES LA VIGILANCIA GENÓMICA?
Durante la pandemia de COVID-19, generada por el coronavirus (SARS-CoV-2), uno de los elementos claves para fortalecer los esfuerzos de la salud pública fue la vigilancia genómica, que es una herramienta empleada por los científicos para conocer y comprender el comportamiento de los patógenos (virus, bacterias, hongos u otros microorganismos), con el fin de lograr su control. Para realizar la vigilancia genómica del SARS-CoV-2 se utilizó la metodología de la secuenciación, el cual permitió identificar y caracterizar los genomas del virus, además hizo posible rastrear la propagación de las variantes en circulación. La vigilancia genómica debe ser entendida como la hoja de ruta que nos brinda información confiable en tiempo real del comportamiento de los patógenos para estar preparados y dar una respuesta sanitaria pública oportuna ante futuras pandemias o epidemias, por esta razón debe convertirse en una prioridad para todos los países.
¿Que es la secuenciación genómica?
Metodología de Caracterización Genética
Método de laboratorio que se usa para determinar la composición genética completa de un patógeno u organismo específico.
Esta técnica permite a los científicos conocer información imprescindible del desarrollo y funcionamiento de los organismos o patógenos, confirmando su existencia y detectando los cambios en las áreas del genoma.
En el caso de la COVID-19, la secuenciación genómica ha sido la puerta de acceso para conocer mejor al SARS-CoV-2, definiendo sus características y comportamiento, y así entendiendo cómo se forma la enfermedad y la forma de combatirlo (tratamiento e inmunizaciones).
¿Cómo funciona la secuenciación genómica?
2. Preparación de librerías genómicas
El material genético que se va secuencias debe ser preparado antes de colocarlo en el equipo de secuenciación. Los pasos del proceso pueden variar según el tipo de muestra y del equipo específico que se utilice.
3. Secuenciación
La librería se carga en un secuenciador, que identificará la secuencia de nucleótidos (A-C-G-T) presentes en el material genético. El secuenciador produce datos —millones de extensas cadenas de letras— que luego se ensamblan o alinean con una secuencia de referencia de alta calidad.
4. Análisis Bioinformático
Los programas bioinformáticos ensamblan y alinean la nueva secuencia de referencia. Estos softwares permiten identificar variaciones, conocer las relaciones ancestrales (filogenia) y determinar los genes.
CONCEPTOS IMPORTANTES
Nucleótidos
Estructuras o unidades que enlazadas forman las cadenas del ácido desoxirribonucleico (ADN) o ácido ribonucleico (ARN).
Mutación
Cambio en la secuencia genética de un organismo o tipo de célula específico. En los virus, la mutación es un evento natural dentro de su proceso evolutivo, y un conjunto de mutaciones puede definir filogenéticamente una nueva variante del virus.
Variante
Clasificación filogenética de un virus, que permite diferenciarlo de otras variantes circulantes. Las nuevas variantes de un virus pueden desaparecer o persistir en el tiempo.
Gen
Es una porción de ADN que transmite la información para producir una proteína.
